特定口座とは、上場株式等を売却した投資者の申告手続きを軽減するために平成15年1月1日から導入された制度であり、口座内における上場株式等の譲渡による譲渡所得等の金額について、他の株式等の譲渡による所得と区分して計算することができる口座です。
特定口座においては、証券会社が投資者に代わり譲渡所得等の金額の計算を行うこととなります。
簡易申告口座と源泉徴収口座の２種類があり、簡易申告口座においては、特定口座年間取引報告書により、簡便に申告を行うことができ、源泉徴収口座においては、証券会社が所得税の源泉徴収を行うため、上場株式等の売却による所得の申告は不要となります。
特別な理由がない場合には、源泉徴収口座にするのが賢明です。
建玉を決済後、各種手数料を控除され、次に源泉税（現状は純利益に対して10%）が控除されて、皆さんの口座に資金が戻ってきます。
「サヤ取り」を行っている限り心配はいりませんが、万が一、特定口座で年間の最終損益がマイナスになったりした場合には、確定申告することで、払いすぎた源泉税が戻ってくるとともに、損失を翌年から3年間繰り越すことができます。
つまり翌年以降の税金が安くなりますので、必ず確定申告を行いましょう。
詳しくは取引先の証券会社とご相談ください。

（※）株式、商品先物によって、専門用語が多少異なりますので、「○」で区別しました。